Der See ist ca. 10 000 Jahre alt. Im Frühling 2007 wurden die Pfahlbauten (nur unter Wasser) durch Taucher untersucht. In einem Pilotprojekt wurden im Zeitraum vom 19. bis 24. August 2002 die Teichrosen im Inkwilersee gemäht. Mit der Ernte der Teichrosen sollte die Verlandung verlangsamt und damit die Lebensdauer des Sees verlängert werden. Man befürchtet beim Kantonalen Amt für Umwelt, dass der See ohne Massnahmen in ca. 150 Jahren ganz verlanden könnte. Entsprechende Konzepte zur Verhinderung werden erarbeitet.
Der Inkwilersee kann immer noch (Stand Juni 2007) als Bade- und Fischereigewässer genutzt werden. Das Baden ist also nicht verboten, aber der See ist nicht so gut geeignet zum Schwimmen. Abkühlen geht, schwimmen weniger, da auch die Seerosen (weiss) und Deichrosen ( gelb) geschützt sind! Rund um den See gibt es einen Spazierweg (ca. 30 Min.) und auf der Ostseite auch eine schöne Familienfeuerstelle. (Teichrosenverlad) Abfallsäcke sind vorhanden, bitte auch brauchen! Zum Fischen braucht man eine Tageskarte.